Глубокая расчлененность рельефа, разнообразие ландшафтных зон и климатических почвенно-ботанических вертикальных поясов обусловливают богатство животного мира на относительно небольшой территории Республики Таджикистан. Кроме того, Таджикистан, с его высочайшими хребтами, глубокими ущельями и низменными равнинами, находясь на стыке фаунистических областей и регионов (европейско-сибирской, восточно-азиатской, индо -малайской, эфиопской и западно – и восточно-средиземноморской), издавна служил ареной интенсивного формообразования и убежищем для сохранения реликтовых видов, родов и фаунистических комплексов. В Таджикистане встречаются млекопитающие 81 вида, птицы – 365, пресмыкающиеся – 49 и беспозвоночных свыше 10 000 видов: богато представлены простейшие (около 200 видов), черви (около 1000 видов), моллюски (почти 300 видов), ракообразные (не менее 150 видов), паукообразные (не менее 800 видов), многоножки и насекомые более 8000 видов. Из общих особенностей животного мира Таджикистана следует отметить его различный генетический состав. Фауне гор богаче равнинной и содержит значительное число европейско-сибирских и восточноазиатских элементов. В фауне низинных жарких пустынь много элементов индомалайского, эфиопского и средиземноморского происхождения. Поэтому фауну Таджикистана невозможно рассматривать в пределах единой зоогеографической подобласти, хотя территория республики целиком входит в палеарктическую область. Другая особенность животного мира в том, что в нем иного эндемиков и он распределен неравномерно по территории и по вертикальным поясам, как бы повторяя собой зональность климатических н почвенно-ботанических условий. Весьма своеобразный комплекс животных встречается в низинных жарких пустынях, представленных в юго-западной части республики. Общие экологические условия жизни в них – это высокие летние температуры, скудная растительность, недостаток влаги в почве и в воздухе. Характерными представителями здесь являются серый варан, кобра, песчаная эфа, удавчик степной, ушастая круглоголовка, сцинковый геккон, стрела-змея, пустынный и хохлатый жаворонки, саксаульный воробей, канюк, ворона черная, дрозд черный, стервятник, чернобрюхий рябок, дрофа-красотка, степная пустельга, пустынная куропатка, кошка пятнистая, топкопалый суслик, песчанки, тушканчики, заяц – толай, лисица и джейран. Разнообразен и мир беспозвоночных животных, прежде всего насекомых пустынь. Из них характерны некоторые виды мух, жужжал, ос мизинид, мутиллид, муравьев, бабочек-гипермнестров, муравьиных львов, жуков, червецов, щитовок, тлей н листоблошек. Имеются многие виды саранчовых, таракановых и паукообразных. Наиболее характерны для фауны песчаной пустыни сирийский богомол (Rivetina syriacae), таджикский богомол амблитеспис, кузнечики – Ammoxenulus pavlovskii, A. desertus, сверчок – cophaphonus z.imini, саранчовые – Diexis bucnaricus, D. gussakovskii, тли рода Xerophi-laphis, Brachyunguis, перепончатокрылые – мутиллида песчаная, на жуков – каспийская песчаная чернотелка н др. Многообразен мир животных в тугаях, образуя вместе с растительностью речных пойм характерный биоценоз. Наиболее типичные тугайные сообщества сохранились в нижних течениях Пянджа и Вахша, а фрагменты их – в поймах Зеравшана выше Пенджикента. На юге республики млекопитающие представлены тугайным оленем, камышовым котом, шакалом, крошечными землеройками; из пресмыкающихся в тугаях обычна порза, заползает сюда и кобра, заходят лисица и др. Типичным обитателем тугаев является чернозолотистый фазан; в прибрежных зарослях зимуют лебеди, в большом количестве – бакланы, кулики, цапли, разнообразные утки, перепела и др. Много здесь ночных животных: гиена полосатая, филин, сова, домовой сыч, ежи, дикобраз, встречаются в хорек-перевязка, барсук, кабан, индийская землеройка и туркестанская крыса. Для фауны насекомых характерны некоторые виды тлей, червецов, щитовок, и жуков-листоедов. Таким образом, фауна тугаев низинных пойм слагается из видов типично лесных европейско-сибирского и средиземноморского и типично пустынного происхождения. Среди последних много эндемов. В реках равнинной части республики встречаются уж обыкновенный, амударынский лопатонос, быстрянка, красноперка, карп, храмуля, усач, сом, жерех и из хищных млекопитающих – выдра. Пояс предгорных равнин, степей или аридпых редколесий на высотах 500-1000 метров содержит не богатую, но вполне специфичную фауну. Из пресмыкающихся распространены степная черепаха и степная агама, желтопузик; из млекопитающих-дикобраз, эаяц-толай, суслик, краснохвостая и большая песчанки, лисица и др. В фауне птиц этого пояса характерными видами следует считать чиля, галку, несколько типичных представителей воробьиных. Насекомые здесь специфичны в связи с питанием на определенных растениях. Например, виды листоблошек, тлей, цикад и жуков, живущие на фисташках. Наибольшим разнообразием и обилием по численности отличается животный мир пояса древесно-кустарниковой растительности (от 1100-1200 до 2000- 2400 м). Умеренный климат, густая и сочная травянистая и древесная растительность, наличие укрытий создают наилучшие условия для жизни животных в этой зоне гор, представленной в Центральном Таджикистане и на Западной Памире (Бадахшан). Из млекопитающих здесь обитают лесная мышь, лесная соня, туркестанская крыса, каменная куница, медведь, барсук, ласка, горностай, сюда заходит дикобраз, лисица, волк; из птиц – куропатка, вяхирь, большая горлица, сорока, иволга обыкновенная, филин, неясыть, орел-карлик и другие дневные хищники. Из воробьиных следует отметить тимелию, белогорлого и красношейного соловьев др. Выше границ лесного пояса встречаются снежный барс, сибирский козерог, на пологих склонах южных гор – муфлон и винторогий козел. Из птиц типичными обитателями считаются беркут, коршун черный, улар, сип, бородач и др. Этот пояс беден пресмыкающимися: гималайская агама, полозы и щитомордник – наиболее часто встречающиеся представители этой группы. Очень разнообразен мир насекомых. Среди них характерны: ряд видов тлей, живущих на жимолостях, барбарисе, рябине, березах и других древесных и кустарниковых породах, около 100 видов червецов и щитовок, виды молей, непарный и кольчатый шелкопряды, златогузка, наездники, мухи, белокрылая цикада. Богомоловые представлены эндемиками (варзобская реветина и амблитеспис кондаринский). Здесь характерны также горчаковая, ферулевая нематоды н ряд видов мермитид, живущих в теле водных насекомых. Своеобразна, но не слишком богата фауна пояса арчовых лесов, состоящих из арчи туркестанской, полушаровидной и эеравшанской. Характернейшими видами животных этого пояса являются: из птиц – арчовый дубонос, кукушка, чеглок, пустельга, вяхирь, большая горлица, козодой, обыкновенная чечевица, большая синица (около 30 видов). Из млекопитающих здесь водятся заяц- толай, лесная соня, арчовая полевка и другие. В быстротекущих горных реках обитают маринка, туркестанский сомик, амударьинская форель, в высокогорных озерах – тибетский голец. Животный мир альпийского пояса, как н пояса арчовых лесов, представленный в системе Гиссаро-Дарваза на высотах 2200-2400 м и выше, беден видами н малочислен. Долгая и суровая зима, короткое лето, поздняя вегетация травянистой растительности, отсутствие деревьев и кустарников ставят животных этого пояса в трудные условия жизни. Из птиц постоянными обитателями являются: гималайский улар, снежный гриф, бородач, беркут; млекопитающие представлены длиннохвостым сурком, красной пищухой, серебристой, полевкой. Здесь же встречаются сибирский козерог и его спутник – снежный барс. Бедна и фауна насекомых альпийского пояса: некоторые виды тлей – бузульниковая, тороновая, кузиниевая, большая щавелевая и представители пластинчатоусых жуков.