Рыбы (Pisces) . В многочисленных водоемах Таджикистана в настоящее время обитает 52 вида рыб, принадлежащих к 12 семействам. Наиболее разнообразны рыбные населения рек – 52 вида, прудов – 17, озер – 20, родников – 10 видов. Из всего многообразия рыб к промысловым относится более 20 видов, в том числе амударьинская форель (Salmo trutta), щука (Esox lucius), обыкновенная маринка (Schizothorax intermedius), красноперка (Scardinius erythrophthalmus), самаркандская храмуля (Varicorhynus capoeta heratensis), аральский жерех (Aspius aspius taeniatus) и другие. Из реликтовых и эндемичных видов рыб в Таджикистане встречаются 3 вида осетровых, рода лжелопатоносов: большой амударьинский – (Pseudoscaphirhyn-chus kaufmannii), малый амударьинский (P.hermanii) и сырдарьинский лжелопатонос (P.fedtschenkoi). Из ценных видов промысловых рыб – жерех-лысач (Aspiolucius esocinus), аральский усач (Barbus brachycephalus) занесены в Красную книгу. В последние годы малочисленными, редкими и исчезающими стали аральский жерех (Aspius aspius taeniatus), аральский шип (Acipenser nudiventris).
Ихтиофауна водоемов Таджикистана искусственно обогащена путем акклиматизации 18-ти видов ценных рыб, к числу которых можно отнести серебряного карася (Carassus auratus), американского канального сома (Silurus glanis), обыкновенного судака (Lucioperca lucioperea), леща (Abramis brama), белого амура (Ctenopharyngodon idella), белого и пестрого толстолобиков (Hypophthalmichthus molitrix, Aristichthus nobilis), американского буффало (Ictiobus bufalus), новую породу карпа (Cyprinus sp.), гибрид белуги со стерлядью, сибирскую пелядь (Coregonus peled) и других.
Значительный ущерб видовому разнообразию и численности рыб наносят гидроэнергетические сооружения, химические загрязнения, браконьерство, а также сброс промышленных отходов в водоемы.