Республика по характеру поверхности типично горная страна с абсолютными высотами поверхностей от 300 до 7495 метров. Почти половина территории республики расположена на высоте более 3 тыс. м. 93 процента ее территории занимают горы, относящиеся к высочайшим горным системам Средней Азии, Тянь-Шанской, Алайской и Памиро-Дарвазской. Горы Таджикистана это разнообразные полезные ископаемые, огромные запасы пресной воды и энергии рек, лесные богатства, обширные пастбища, необъятные возможности для отдыха и спорта. Обширную площадь в Таджикистане занимают широтно -вытянутые хребты Алайской горной системы. К ним относятся Туркестанский, Зеравшанский, Гиссарский и Каратегинский хребты, представляющие разветвление Алайского хребта. Между хребтами расположены продольные долины Зеравшана и Ягноба. Зеравшинский хребет троекратно прорезан глубокими сквозными долинами притоков реки Зеравшана. Участок его, лежащий между реками Фандарьей и Кштутом, известен под названием Фанских гор. Средняя высота хребтов 3000 м, а отдельные вершины Пирамидальная (5621 м) в Туркестанском хребте, Чимтарга (5495 м) в Зерававшанском хребте – превышают 5 тыс. м. Горные пики и самые высокие части водоразделов покрыты ледниками и вечными снегами.
Гиссаро-Алайскую горную систему, располагающуюся в Центральном Таджикистане между Ферганской долиной на севере и Гиссарской долиной и рекой Сурхоб на юге, нередко называют Кухистан или Страна гор. Эта система гор образует западную часть Южного Тянь-Шаня. Общая протяженность Гиссаро-Алая составляет около 800 км. На севере Таджикистана субширотно расположен Кураминский хребет, затухающий на равнине Дальверзинской степи. Средняя его высота составляет 2000-2500 м. Вечные снега лежат только на самой высокой вершине хребта – горе Бобоид. Юго-западная часть хребта, богатая полезными ископаемыми, носит название Карамазор. Южнее расположены горы Моголтау (до 1600 м), и долина реки Сырдарьи. Восточную половину Таджикистана занимают горы Памиро-Дарвазской горной системы. Памир одно из высочайших нагорий мира. Памир обычно принято делить на Западный (Бадахшан) и Восточный (собственно Памир). На Памире, высочайшем горном узле Центральной Азии, сходятся горные цепи Каракорума, Кунь-Луня и Гиндукуша. Ядром Памирской горной области является хребет Академии наук с наивысшей точкой для средних широт пиком Сомони (7495 м.). Здесь на высоте 6000 – 6100 м лежит так называемое Памирское ледяное плато с толщиной льда до 150 м, а рядом расположен горно-долинный ледник Федченко. По физико-географическим условиям в пределах Горно-Бадахшанской автономной области различаются Восточный и Западный Памир. Условную границу между ними проводят по линии, соединяющей ледник Федченко с пиком Карла Маркса в Шахдариноком хребте. Восточный Памир при большой абсолютной высоте (не ниже 3600 м) отличается слабым расчленением поверхности. Для него характерны необыкновенно широкие плоскодонные долины с медленным течением рек, обширные бессточные котловины с солоноватыми озерами. На севере Восточного Памира тянется величественная цепь Заалайского хребта, увенчанная пиком Ленина. Горные хребты Восточного Памира Сарыкольский, Музкольский и другие, несмотря на большую высоту (до 6000 м над уровнем моря), отличаются сравнительно малой изрезанностью и плавностью очертаний, свойственных среднегорному рельефу. Здесь распространена многолетняя мерзлота. На Западном Памире, в Бадахшане, кроме пограничного с Восточным Памиром хребте Академии наук,находятся Дарвазский, Ванчский, Язгулемский, Рушанский, Шугнанский, Шахдаринский и Ишкашимский хребты. Эти горные гряды с острыми зазубренными гребнями разделены глубокими долинами, прорезанными бурными реками. Водоразделы хребтов несут покров вечных снегов. Между ними расположены долины рек Памира: Ванч, Язгулем, Бартанг, Гунт с Шахдарой, которые соединяются с долиной реки Пяндж. Долины на Западном Памире находятся на высоте 1700 – 2500 м., а горные хребты возвышаются над ним на 1500 – 3500 м. На северо-западе Памира находятся хребты Петра Первого и Дарвазский. Юго-запад страны заполняют короткие невысокие хребты и кряжи, представляющие виргации хребтов Петра Первого и Дарвазского. Это сравнительно низкие горные хребты Юго-западного Таджикистана Джилантау, Сурхку, Сарсаряк и другие находятся южнее Гиссарской долины и западнее Дарвзского хребта. Скучиваясь на северо-востоке, они веерообразно расходятся в юго-западном направлении, и, постепенно снижаясь, затухают на равнинах Пянджа – Аму-Дарьи. Средние высоты этих горных хребтов и гряд составляют 300-1700 м, наибольшие до 2900 м. Межгорные долины Таджикистана расположены на различной высоте над уровнем моря от 300 до 2500 м. Наиболее крупные из них Западно-Ферганская, Зеравшанская, Гиссарская, Вахшская, Нижнекафирниганская, Кулябская, Ванчская, Гунтская. Здесь сосредоточена большая часть населения республики. Для Таджикистана характерна “поэтажная” смена рельефа. Можно выделить следующие пояса: равнинный (на высоте от 300 до 900 м над уровнем моря), предгорный (900-1600 м), низкогорный (l600-2300 м), среднегорный (2300-3500 м) и высокогорный (выше 3500 м). Равнины занимают лишь 7% территория республики. Высокие горы Таджикистана – крупный очаг современного оледенения, где формируются стоки основных водных артерий Средней Азия.